Területe ősidők óta lakott. A Telek-pataknál és a Kerekhegynél 6–9. századi település nyomaira bukkantak. A neve eredetileg Pólyán, tisztást jelent. A mai falu eredete a hagyomány szerint a Kézdit Kászonnal összekötő út jobb oldalán, Szent János tövében terült el, ahol a kápolna alapjai is láthatók, és ahová 2000-ben emlékmű épült. Innen a Perkőhöz tartozó Bolygó nevű helyre költöztek, s végül a 15. században a mai településen, a borvíz körül telepedtek meg. A falu első említése 1332-ből származik. 1800-tól Kézdipolyán, 1905-től Kézdiszentkereszt néven szerepel. A mai templom 1798-ban épült, amit többször is újra kellett építeni a földrengések okozta kár miatt.
Oltárát 1717-ben emelték Bélafalvával közösen, Henter Gáspár kanonok támogatásával, amit az oltárfelirat is megemlít. A régi templom a fennmaradt harang felirata szerint 1648-ból való: „O Rex gloriae Christe, veni cum pace...” A falu szülötte Tréfán Leonárd ferences provinciális (1875–1945), a Szent Bonaventúra nyomda alapítója és a Ferences lapok szerkesztője. A lakossága nagy része földműveléssel és állattenyésztéssel foglalkozik, néhány család pedig kőfaragással. A 16. századtól 1948-ig katolikus iskolája volt, az épületben ma 1–8. osztályos állami iskola működik.