1291-ben Fogrosnak írták. 1369-ben Fogaras volt a neve. Középkori temploma a város főterén állt, híres szépségű, háromhajós, gótikus templom volt. Mivel szerzetesi templomról és kolostorról létezik adat, valószínű, hogy erről a templomról van szó. A ferencesek birtokában volt, amit 1704-ben Rabutin a várból rommá lövetett. A híres fogarasi vár egy korábbi (10–11. századi) palánk vár helyén épült 1310-ben. Szűz Mária tiszteletére szentelt kápolna volt benne.
A középkori katolikus lakosság két részre oszlott: a szászok lutheránusok, a magyarok reformátusok lettek. A templomot közösen használták 1666-ig, amikor Apafi Mihály kitiltotta a lutheránus papot. A katolikus hitélet csak a 18. században éledt fel, mert a várkapitány még 1678-ban szigorú tilalmat rendelt el Apafi utasítására, amely tilalom szerint katolikus pap vagy szerzetes nem végezhetett szentmisét.
1687 után, amikor a várba katonaőrség került, megérkezett az első katonalelkész is P. Melsing Atanáz ferences személyében, akit Antalffi János erdélyi püspök 1725. április 15-én felhatalmazott arra, hogy az „összes lelkészi teendőket végezze a híveknél is”. P. Melsing utódai a katonalelkészségben szintén ferencesek voltak a legközelebb fekvő brassói vagy a nagyszebeni kolostorból. 1735-ben Boér József nemesi kúriáját a ferenceseknek adományozta. Ezen a kúrián és hozzá tartozó telken épült fel a ferencesek temploma a kolostorral együtt 1737-ben. 1760-ban az egész városban tűz pusztított, amikor a templom és kolostor is porrá égett. 1761–1780-ban építettek új templomot és kolostort.
1951-ben a ferenceseket bezárták vagy kényszerlakhelyre vitték. 1951-től 1972-ig egyházmegyei papok vezették a plébániát. 1972–1997 között ismét ferencesek működtek Fogarason. 1997. augusztus 1-jétől a ferencesek átadták a templomot és kolostort a gyulafehérvári főegyházmegyének.
A fogarasi elemi iskolát 1747-ben alapították P. Kapp Sámuel házfőnöksége alatt, amelyet a ferencesek vezettek. Ez az iskola eleinte a barátok által bérelt házban működött, majd 1884–85-ben a ferences rendház, valamint a szülők anyagi támogatásával felépült az új elemi iskola, amit P. Simon Jenő házfőnök áldott meg 1885. november 29-én. 1948-ban államosították. 2004. április 5. óta ismét az egyházközség tulajdonában van. Jelenleg román nyelvű óvoda működik benne.
A kolostorban magyar nyelvű óvoda és egy hároméves posztliceális kórházi betegápoló iskola működik.