A település első írásos említése egy 1567-es regestrumból való, amelyben 44 kapuval jegyzik. Azonban az 1333-as, illetve 1334-es pápai tizedjegyzék három gyergyói papot sorol fel (István, Tamás, Miklós). Ezek közül az egyik bizonyára Alfalura vonatkozik. Ekkor tehát egyháza és papja van, ezt erősíti meg a templom oldalán lévő felirat: „Aedifi cata MCCXIII in honorem sacro Sanctorum Iudae et Simeoni Apostolorum et Sanctae Margharetae virginia et martiris” (Építtetett 1213-ban, Szent Júdás és Simon apostolok és Szent Margit szűz és vértanú tiszteletére). Ugyancsak ezt látszik megerősíteni a torony aljában lévő félköríves kapubejárat. Az egyházközség első temploma román stílusú. Ezt követte a nagyobb, gótikus stílusban emelt templom, melynek építési idejét a történészek, stílusjegyei alapján, a 15. századra teszik. Számos eleme a jelenlegi templomban is megtalálható. Innen maradt meg a kőalapokon nyugvó andezit-tufából faragott hatszögletű, gótikus kelyhet mintázó keresztelőkút is. 1567-ben István gyergyóalfalvi pap sereget szervezett János Zsigmond térítő seregei ellenében. A székelyek megvédték hitüket. Ennek nyomán indult el a csíksomlyói zarándoklat. P. Damokos Kázmér, püspökké szentelt erdélyi apostoli vikárius, 1675-től innen kormányozta az egyházmegyét. Itt is halt meg 1678-ban pestisben. 1707 decemberében Akton ezredes a császári csapatok élén büntető hadjáratot vezetett a székelység ellen. Ekkor égett le a templom tetőzete több egyházi épülettel, köztük a plébániával egyetemben. A legnagyobb kárt az irattár szenvedte, amely szinte teljes egészében megsemmisült. A javítási munkálatok évekig elhúzódtak, és amint a feljegyzésekből kiderül, ekkor már világossá vált egy nagyobb templom szükségessége az egyházközség számára.
1730-ban az addig Alfaluhoz tartozó Csomafalvát önálló plébániává szervezték át. 1755-ben Bálintffi Gergely plébános hozzálátott az új templom építési előkészítéséhez. Az új templom alapkőletétele 1766. június 27-én történt, ez a templom már barokk stílusban épült. Az építkezést Mária Terézia osztrák császárnő is segítette. A templomot végül 1786 Szentháromság vasárnapján szentelte fel Batthyány Ignác erdélyi püspök. 1806-ban hatalmas tűzvész söpört végig a falun, mely során leégett a templom tetőszerkezete és a plébánia épülete. Ugyanebben az évben építették a mai plébániaépületet, és rendbehozták a sérült templomot is. 1930-ban kibővítették a templomot az északi mellékhajóval.
Borzont filiában 1926-ban iskola-kápolnát építenek Gaál Tamás plébános idején. Tíz év múlva megalakul az első egyháztanács. A templomot 1984–85-ben kibővítik és felújítják.
Gyergyóalfalu tizenhárom kötetnyi anyakönyvét (1714–1931) és historia domusát (1886–1930) a második világháború idején, 1944-ben Füzesabonyba menekítették. Ezek a kötetek 1993-ban bekerültek az Egri Főegyházmegyei Levéltárba biztonsági és megőrzési okokból. Végül 2009 szeptemberében hazakerültek Egerből, és így részben Gyergyószentmiklóson a Gyűjtőlevéltárban, részben Gyergyóalfaluban a plébánián találhatók.