Kézdikővár területe az ősidők óta lakott. Az 1974–1975. évi ásatások során a Polyvárnak nevezett helyen késő neolitikumi leleteket találtak. A pápai dézsmák regestrumában 1332-ben Pusulnik, 1333-ban Pusulnuk, 1334-ben Pusulvik néven fizet Domokos nevű papja. 1349-ben Pesulnuk néven említik, amely később Peselnekre változik.1906-ban változtatták át a falu nevét Kézdikővárra. Feltehetően a besenyő eredetű falut a 14. században Zsigmond király adományozta az Apor családnak, valószínűleg új adomány címén. Ekkor az Aporok erőszakkal jobbágyokká tették az addig szabad besenyőket. A Felső-Fehér vármegyéhez tartozó falut 1876-ban csatolták Háromszékhez. Az 1968-as közigazgatási átszervezésig a hozzá tartozó Kézdiszárazpatakkal együtt községközpont volt. A 2004-ben és 2005-ben tartott népszavazás az előre nem tekintő és közömbös községi lakosok miatt sikertelennek bizonyult, így nem tudott leszakadni Kézdiszentlélek községről. Régen a falu nem a mostani helyén, hanem az ettől délebbre lévő Cékláspatak völgyében terült el. A ma már lakatlan helyen a régi templom romjai maradtak fenn, melynek építési ideje a 12. századra tehető. A templomot hasonló korú temető vette körül.
Ezt a helyet ma is Faluhelynek nevezik, melynek nyomait Orbán Balázs is megtalálta. 1998-tól kereszt jelzi a helyét. A falu jelenlegi helyére való költözése után, 1825-ben új templomot építettek, amelyet 1829. május 30-án szentelt fel Kovács Miklós püspök. A régi templom pusztulása korábban következhetett be, mert Kézdikővár Kézdiszárazpatak filiája lett, és az új templom felépüléséig a hívek oda jártak templomba. Napjainkban is katolikus falu. 1751-ben kezdetét vette a kereszteltek anyakönyvének írása. 1975-ben hosszas vajúdás és erőfeszítések árán papilakot építettek. Az első kántori lak, amely az iskolát is magába foglalta, 1791-ben épült, majd 1858-ban felépítették a mai kántori lakot, amely két tanteremnek is helyet adott. Az első ismert tanító Lázár Ferenc kántor volt.