A Madaras név kialakulásáról kétféle hagyomány ismeretes: az egyik a gazdag madárvilág, a másik foglalkozást jelöl: a „madaras ember” vadászsólymot szelídítő ember. A falu közössége több évszázadon át a csíknagyboldogasszonyi egyházközséghez tartozott, és 1742-ben lett önálló egyházközséggé. Ettől az évtől kezdve önálló felekezeti iskola indult, ami az 1948-as államosításig megszakítás nélkül működött. Endes Miklós Csík megye történetében, Lakatos István Sicula című művére utalva írja, hogy Csíkmadarason Madarasi Mihály pap 1500-ban templomot építtetett. Ez a templom gótikus stílusú volt és a mai templom helyén állt. A mai templomot 1760–1770 között toronyépítéssel kezdték. Magát a templomot 1796 és 1802 között építették. Felszentelése csak 1829. június 29-én történt meg, mert a rossz építés miatt a templom boltíves mennyezete beszakadt, a kijavítás után az 1818-as földrengés nagyon megrongálta. Az 1848–49-es szabadságharcban Csíkmadaras népe derekasan kivette a részét. A Madaras patakán lőporgyár épült, határőrkatonái és honvédei végigharcolták a szabadságharc ütközeteit. Kiss Ferenc honvéd alezredes személyében a szabadságharcnak törzstisztet is adott. Az első világháborúban 65-ön estek el a harctereken, 42 személy eltűnt, az 1916-ban elhurcoltak közül pedig 31-en a fogságban haltak meg. A második világháború vérvesztesége sokkal kevesebb, 37 személy esett el. 1950. július 30-án 63 család megalakította az Új Barázda nevű kollektív gazdaságot. Ezzel kezdődött a nép igazi kifosztása. Az 1956-os magyarországi és erdélyi események után, 1959. október 16-án letartóztatták Bálint Tivadar plébánost, akit 18 évre ítéltek el, és Mihálcz Andrást, aki 25 évet kapott. Mindketten 1964-ben szabadultak. Az 1968-as megyésítés alkalmával Csíkmadaras elvesztette önállóságát, közigazgatásilag a csíkdánfalvi néptanácshoz csatolták, 2002 márciusától újra önálló község.