1711-ben menekülő bolgár ferencesek telepedtek le ide. Magánházakban és a Szent György-kápolnában miséztek, csak 1833-ban építettek templomot a várban Kapisztrán Szent János tiszteletére. A templomot azonban 1848-ban lefoglalták a katonaság részére, és 1849-ben le is égett. A romokat a rend eladta, s kriptájából 83 halott maradványait a temetőbe helyezték el. A templom emlékét a papnevelő intézet udvarán álló Kapisztrán-szobor őrzi.
Az obszerváns ferencesek már az erdélyi fejedelemség idején, 1642-ben le akartak telepedni, de Rákóczi György kitiltotta őket, ezért kénytelenek voltak eladni a Tövisi utcában vásárolt házukat. 1725-ben tértek újra vissza. Lakásból alakítottak át maguknak rendházat és oratóriumot. Ezt azonban nem sokkal később el kellett hagyniuk, mivel az árvíz veszélyeztette, és 1730-tól más lakásba költöztek. Innen kerültek mai otthonukba, ahol 1752–69 között templomot is építettek. Kovács Miklós püspök plébánia rangra emelte. A templom eredeti patrónusa Szent Sebestyén volt, de Mailáth püspök Jézus Szent Szívére változtatta.
1951-ben a ferenceseket kényszerlakhelyre hurcolták. Azóta egyházmegyés papok gondozzák a templomot. Az 1990-es években, Medek János-Siegfried idejében, a gyenge rendház helyett több épületrész készült el rendháznak, óvodának és iskolának.
Plébánia volt még Marosportuson is. Kápolnája 1783-ból való, és Nepomuki Szent János tiszteletére építették. Helyére 1804-ben templomot építettek, amely 1821-től plébániaként működött. 1960-ban lebontották.